Při léčbě dystymie se uplatňuje psychoterapie zaměřená změnu způsobu myšlení. Použít lze i různá antidepresiva, nejčastěji ze skupiny SSRI (selektivní inhibitory zpětného vychytávání serotoninu). Konkrétní antidepresiva se volí podle závažnosti dystymie, stavu pacienta a vedlejších příznaků.
Reklasifikace dystymie mezi poruchy nálady v DSM-III podnítila široké užití antidepresivní medikace u této jednotky. Léčba: Tricyklická antidepresiva, selektivní inhibitory reuptake serotoninu, inhibitory monoaminooxydázy se ukázaly být účinné v krátkodobé léčbě i v prevenci relapsu a rekurence.