Kromě alergického mechanismu může kojenec reagovat na mateřské mléko intolerancí, která se projevuje spíše potížemi v trávicím traktu. Asi nejznámější je laktózová intolerance, u miminek pouze jako vrozená vzácná alaktázie, kdy zcela chybí enzym laktáza štěpící laktózu na jednoduché cukry. Co je alergie na mléko?