Při získávání lecitinu je sice většina bílkovinných frakcí způsobujících alergické reakce odstraněna, přesto však může výsledný lecitin tyto alergeny ve stopovém množství obsahovat. Pokud trpíte alergií na sóju, doporučujeme konzumaci potravin obsahujících sójový lecitin konzultovat s vaším alergologem.